Antigeeni on mikä tahansa molekyyli, joka aiheuttaa elimistössä immuunivasteen. Ne ovat usein proteiineja tai polysakkarideja, joita esiintyy esimerkiksi bakteerien tai virusten pintarakenteissa. Imusoluilla on antigeenireseptori, jonka avulla ne tunnistavat tietyn antigeenin. Antigeenien avulla elimistö tunnistaa muun muassa sen, onko solu oma vai elimistölle vieras.

Vasta-aineet tarttuvat antigeeniin. Antigeeni aiheuttaa elimistössä vasta-ainevälitteisen tai soluvälitteisen immuunireaktion. Jos elimistön muistisoluissa on ennestään tieto taudinaiheuttajasta, niin käynnistyvää vastetta kutsutaan sekundaarivasteeksi (adaptiivinen immuniteetti), jossa immuunipuolustuksen vaste on nopeampi ja tarkempi. Jos taas antigeeni on tuntematon, elimistö käyttää muita menetelmiä tunkeutujan tuhoamiseen (primaarivaste, luonnollinen immuniteetti). Primaarivasteen jälkeen immuunipuolustuksen käyttöön jää muistisoluja, jotka muistavat kyseisen antigeenin. Seuraavalla kerralla elimistön kohdatessa saman antigeenin, immuunipuolustus voi tuhota nopeasti solun, jonka pinnalla antigeeni on. Elimistön omat solut tunnistetaan samalla menetelmällä omiksi soluiksi, joita ei tuhota. (Wikipedia)