IgM pystyy neutraloimaan bakteerien toksiineja. Se ei pysty suoraan opsonoimaan mikrobeja mutta voi tehdä sen välillisesti käynnistämällä komplementin.

IgM-vasta-aineita esiintyy runsaasti infektion alussa ja sen aikana. IgM-vasta-ainepitoisuuden määrityksellä voidaan selvittää onko infektio sairastettu äskettäin vai jo aikaisemmin. Jos infektio on sairastettu äskettäin, IgM-vasta-ainetasot ovat korkeat kyseiselle antigeenille, mutta jos infektio on sairastettu jo aiemmin, IgM-taso on matala ja IgG korkeampi.